位于风景区旅顺太阳沟友谊路西端，建筑占地4000多平方米，为二层建筑，面北，东西走向，正门中悬挂曲格平题书的馆名“蛇岛自然博物馆”。蛇岛自然博物馆共分八个展厅：1、序厅：以蛇岛航空彩照模拟为主题。蛇岛屹立在湛蓝的大海上，利用灯光，音响效果，仿佛使人身临其境。周围又有拱门“老神洞”及流水假景相伴，引入下个厅。2、蛇岛厅：全景橱展示了蛇岛神密的自然风貌，层层岩缝，密密麻麻的礁石，重重丛生的灌木，各类飞禽活跃岛上，倍加生机盎然。3、蛇类厅：以蛇岛蝮蛇为主的全国各地蛇类活动展出橱内，介绍产地及生活习性用途。同时，橱内展出300多种蛇的标本。具有很高的学术价值。4、蛇的利用厅：以蛇岛蝮蛇为主，以蛇岛医院临床治疗，介绍蛇的利用价值，尤其在医学中治疗疾病的作用。5、老铁山厅：利用三度空间艺术形式，老铁山岛站全景橱，生动的展示出各类飞禽标本，风光景色。6、鸟类厅：展示各类鸟类标本。7、影视厅：放映《蛇岛》影片。让人们从影片中了解蛇岛及蛇。从中领略蛇岛的神、奇、险、美。，看了十几分钟的电视片，你将大饱眼福，蛇岛的奥秘，一目了然。8、蛇园：在人工饲养蛇的生态环境中，亲眼目睹蛇的生活习性。模拟蛇岛环境，把它缩小在十万分之一。