连云港海州湾生态与自然遗迹海洋特别保护区位于江苏省连云港市，保护区以秦山岛为中心划定，南侧和西侧以现有海岸线为界，东侧和北侧界限依据连云港人工鱼礁工程区的东界和北界划定，总面积达490.37平方公里。

海州湾海湾生态与自然遗迹海洋特别保护区海岸类型齐全，保护区内有江苏独有的基岩海岛、40公里沙滩、30公里基岩海岸、泥质海岸及海岛森林，是典型的海洋海岸岛礁自然地貌区。秦山岛上有“神路”之称的秦山岛4.5公里长连岛沙坝、“大将军”和“二将军”之称的海蚀柱、龙王河口南岸的羽状沙嘴，形态典型，极具科学意义。赣榆县沿海有海滨沙矿，曾有矿金开采，县东郊的数道贝壳沙堤，在宋庄附近保存较好，标志着不同时期的海岸线，见证了自然演变和历史变迁的过程。

就生态环境来说，海州湾是我国海岸南北分界、亚热带与暖温带的交界处，生物资源十分丰富，既有近岸低盐品种，也有远岸高盐类群，同时分布着数百种鱼虾贝蟹等珍贵生物资源和100多种海岛鸟类。竹岛、无人岛，原始生态系统保存完好，有天然竹林，蛇类较多，为江苏的蛇岛，地带过渡性的特征使其具有植物生态地理等方面的十分重要的研究和保护价值。

保护区按功能划分为四个区：生态保护区、资源恢复区、生态环境整治区各一块、开发利用区两块、三个保护点分别为龙王河口沙嘴保护点、竹岛保护点、东西连岛苏马湾保护点。

生态保护区以竹岛、秦山岛及连岛等海岛和龙王河等入海河口为中心的海洋地貌最为典型、海洋生物最具多样性的区域，也是历史文化遗迹最具科学价值和保护价值、保护对象最集中的区域。通过禁止破坏海洋生态系统的开发活动，保护海岸原生动植物资源、野生鸟类栖息地和迁徙通道，保持现有的海洋及海岸生态环境和生物多样性。