莲花山上建有莲花城。莲花城位于莲花山上莲花塔北部，素有"广东长城"之称。建于清康熙三年(1664年)，面积约1万平方米。城建在山顶，俯瞰珠江航道，是一个重要的军事据点。鸦片战争时林则徐曾在城内驻防，设立了防止英军入侵的第二道防线。后林则徐被贬，投降派琦善在莲花城内与英国代表义律签订了不平等的《穿鼻条约》。因此，莲花城也是中国以及广州近代史的一个历史见证。