乐清湾泥蚶国家级水产种质资源保护区总面积7463.3公顷，其中核心区面积63.3公顷，试验区面积7400公顷。核心区特别保护期为全年。保护区位于浙江省乐清湾北部（清江口纬度28°15′46.63″以北）。核心区在雁荡镇跳头村附近，紧靠跳头村堤塘，毗邻雁荡山国家级风景区，与西门岛海洋特别保护区遥相对应，仅隔250m左右，其四至范围拐点座标分别为：（121°11′08.50″E，28°21′17.35″N；121°11′00.59″E，28°21′26.15″N；121°10′06.79″E，28°21′11.28″N；121°10′15.84″E，28°20′51.27″N）。保护区内除核心区外其他区域为实验区。主要保护对象为泥蚶，其他保护物种包括缢蛏、牡蛎、彩虹明樱蛤、青蛤等。