柯克亚尔柯尔克孜民族乡位于塔什库尔干塔吉克自治县县城北部35公里，地处慕士塔格冰山脚下，西面与塔吉克斯坦共和国接壤，四面群山包围，地形十分复杂。总面积602平方公里，平均海拔4000米以上，年平均气温3℃，最高温度30℃，最低温度零下40℃。无霜期70—120天，全年四季不明，只冷暖两季，年降水量70毫米，空气干燥稀薄，属典型的大陆性高原干旱荒漠性气候。主要有柯尔克孜族、汉族、塔吉克族、维吾尔族等民族，其中柯尔克孜占97.3％，其它民族占2.7％。辖柯克亚村和谢尔那甫村两个行政村。

柯克亚民族乡原属塔合曼乡一个村，1985年9月15日正式成立柯克亚柯克克孜民族乡，沿用至今。柯克亚柯尔克孜民族乡以牧业为主，农业为辅。

柯克亚民族乡境内有锁阳、手掌参等珍贵药材。