一只不明来历的宇宙船坠落在一个雪山上。雪儿博士从中探测到与“黑暗精灵”一样的能量源，杰洛在调查时，遇到巨大的思考型机器人“奥米加” (Omega) 。三位天王急于毁灭“奥米加”之际，一名自称“拜鲁博士” (Dr. Weil) 的科学家中断了双方的攻击。这个一百年前被放逐的科学家宣布奥米加成为尼奥2阿鲁卡地亚的一员。突然，一个貌似 X 的思考型机器人到场，挑战杰洛斗快找到“黑暗精灵”。贤将深知拜鲁与奥米加曾经发动“妖精战争” (Elf War) ，但也不能逆复制 X 的意思，便随一众离去。唯杰洛一人不明拜鲁“看看你的身体还可能顶多久”一言。重整后的反抗军，开始调查尼奥·阿鲁卡地亚最近的变动，也挑起了对拜鲁八审官的决战。为了全力寻找“黑暗精灵”的拜鲁与复制 X 将内藏奥米加的导弹射向人类居住区，杰洛不能阻止奥米加与黑暗精灵合体，只能救回被其重伤的贤将。复制 X 向雪儿博士要求分出“雪儿系统”，但雪儿实在不相信拜鲁一众，拒绝要求后，杰洛立即被复制 X 定为恐怖分子。迎击尼奥·阿鲁卡地亚的进攻后，杰洛潜入尼奥·阿鲁卡地亚的高空总部——复活复制 X 所在的地点，复制 X 战败的时候，真正的精灵 X 出现，告知两人事实，复制 X 不信，欲变身时引发拜鲁设下的自爆程序，杰洛亦正中了拜鲁的圈套：在众人面前杀了尼奥·阿鲁卡地亚的统领，拜鲁顺理成章成为了新的统治者。反抗军继续寻找有关拜鲁、奥米加、黑暗精灵与妖精战争的资料，发现了令人惊栗的事实：自非正规机械战争后，电子精灵被大量使用，当中力量最大的为“母亲精灵” (Mother Elf) 。野心家拜鲁博士，将母亲精灵变成黑暗精灵，用奥米加和她的力量，杀了地上过半人类和思考型机器人，史称“妖精战争”。杰洛知道真相后誓要打败奥米加，闯到“尼奥阿鲁卡地下” (Under Arcadia) 动力部，再到拜鲁的地下研究所。先后打败奥米加两个形态后，杰洛著地于自己苏醒地方，面对奥米加的终极形态——杰洛的“真身”。拜鲁声称杰洛的身体其实是复制出来的，奥米加才拥有赤色斗神的真正力量。不过杰洛轻易击败奥米加，正当黑暗精灵让奥米加回复战斗力之际，三天王联攻奥米加，精灵 X 出现，把事情因由告知杰洛。

杰洛最后选择了自己的命运，手执ZERO剑、奔向奥米加，解除了拜鲁施在黑暗精灵的困咒……