为争取罗马教廷的支持，拿破仑排除种种干扰，派代表与罗马教廷谈判，施展各种手法使谈判成功，1801年7月15日，拿破仑与罗马教皇之间的协议—政教协议（即《教务专约》）在巴黎签字。不久得到罗马教廷批准。翌年，经法国立法院同意，元老院批准，最后由拿破仑作为国家法律正式颁布实施。进一步明确了教会与国家的关系。教务专约与组织条例的公布施行，就以法律的形式既维护了法国广大民众信教的自由，又使天主教从属拿破仑政权，将天主教由封建专制王权的精神支柱，变成了法国资产阶级国家的精神工具。

拿破仑是个无神论者，但他意识到天主教在法国的影响根深蒂固，同时吸取了雅各宾派反宗教改革政策的教训，着手于罗马教廷和解。1801年7月同罗马教皇签订了《教务专约》，承认天主教是法国大多数人信仰的宗教，但不是国教，恢复天主教在法国的合法地位和活动。教会必须遵守国家的法律，承认大革命时期被出卖教产的合法性，不再恢复什一税，大主教和主教由国家任命和支付薪俸，由教皇授职。此后，天主教会成为波拿巴统治的重要基础。对新教和犹太教采取一视同仁的政策，赋予他们和天主教同样的权利，在法国实现了宗教和平，进一步巩固了法国国内的稳定，为法国政治和经济的迅速发展提供了公愤的条件。