兼性厌氧细菌（facultative anaerobic bacteria），又称兼嫌气性微生物，兼嫌气菌、兼性好氧菌。。既可以在有氧条件下进行新陈代谢，又可以在无氧状态下进行新陈代谢。但在这两种状况下，体内的生化反应是不同的，也就是说产能途径不同。

这类微生物的适应范围广，在有氧或无氧的环境中均能生长。 一般以有氧生长为主，有氧时靠呼吸产能；兼具厌氧生长能力，无氧时通过发酵或无氧呼吸产能。如大肠杆菌（ E . coli ）、产气肠杆菌（ Enterobacter aerogenes ）等肠杆菌科( Enterobacteriaceae ）的成员，地衣芽孢杆菌（ Bacillus lichenifornus ）、酿酒酵母（ Saccharomyces cerevisiae ）等。

在兼性厌氧菌中，很多是像大肠杆菌那样，有氧存在时是借助呼吸，氧不存在时是借助发酵来获得能量的。但也有的像乳酸菌那样，即使有氧存在，主要也是借助发酵来获得能量。因而即使是兼性厌氧菌，其中也包括从在有氧条件下生长十分良好的直到无氧条件下生长十分良好的各种各样的情况。