元至元八年（公元1271年）升济州为济宁府。济宁府遗址即今济宁市市中区任城路两侧。 领济、兖、单三州及巨野、郓城、肥城、金乡、砀山、虞城、丰县等七县。寻迁治巨野(今巨野县巨野镇巨野城)。至元十五年（公元1278年）迁府治济州城（即任城）。其年复又回治巨野。至元十六年（公元1279年）升济宁府为济宁路，徙治任城。明太祖吴元年（公元1367年）改济宁路为济宁府。明洪武十八年（公元1385年）又降济宁府为济宁州。治所任城。