太平天国将领，广西桂平县大梭村人。年约十九岁，短小精干，目闪闪有光，勇猛超众。金田起义时，吉志元全家数十人参加，分隶各军。志元父吉成凤战死，天王叙其功，封志元为恩赏丞相。太平天国壬子二年三月，调为北殿仆射。癸好三年四月，升北殿右八承宜。

太平天国甲寅四年三月，吉志元与韦俊等进军两湖，驻守黄陂、孝感。九月，武、汉陷，退守田家镇。十月，在半壁山阵亡。