吉林医药学院药学院前身为空军卫生学校药学教研室，1956年起开办药学专业，主要为空军培养药学专业技术人才，曾是空军药学专业委员会主任委员单位，成功主办了空军药学专业学术会议7次。曾以第一研制人获国家发明三等奖一项，军队级科技进步二等奖二项，军队级科技进步三等奖11项，在空军药学科学研究方面享有很高的声誉。1999年转隶归属于第四军医大学，更名为吉林军医学院药学系，2004年8月随学院由军队整体移交吉林省办学，现为省属公办本科院校。

药学院现辖5个教研室即化学教研室、药剂学教研室、药物分析学教研室、中药学教研室、药物化学教研室。现有教师38人，其中教授4人，副教授9人，占教师总人数的34%；博士5人，硕士22人，吉林大学、延边大学硕士研究生兼职导师11人，基本形成了职称、学历、年龄较为合理的教学科研团队，是一支敬业精神强、职称学历均为合理的团队。张秀荣院长为吉林省教学名师，2005年药学院被评为吉林市先进集体，2009年药剂学课程被评为吉林省优秀教学团队。

学院坚持以学科建设为基础，以教学改革为重点，坚持特色办学指导思想，大力加强学科建设和课程建设。药剂学科是“十五”解放军总后勤部重点建设学科，“十一五”吉林省重点学科。药学专业是吉林省高等学校特色专业建设点。获得吉林省优秀课三门，有机化学、药剂学、药物分析，院级精品课程一门即有机化学课程。2007年获吉林省教学成果二等奖1项，2008年获教学成果三等奖1项，2008年吉林省教育技术成果三等奖1项。编写教材4部。

药学院设有药学、药学（临床药学）、药物制剂、市场营销（医药营销）四个本科专业和方向以及药学专科专业，累计培养人才近2800人。现在校生共计899人，其中本科生773人，专科生126人。连续三年毕业生就业率均达到100%。

学院科研成绩显著，设立了新药研发中心，现有中央与地方共建特色专业实验室1个——药物制剂实验室、吉林省中医药管理局二级实验室——“中药微量元素分析实验室”，拥有各种大型分析仪器，如原子吸收分光光度计、紫外分光光度计、高效液相色谱仪、荧光分析仪、注射流动发光分析仪、气相色谱仪、红外色谱仪等，在研课题26项，其中国家3项、省级14项，近5年共发表论文近200篇，其中15篇被SCI收录。获吉林省科技进步一等奖1项，获吉林省科技进步三等奖2项，吉林市科技成果2项。2008年，药学院有5人被评为学院科研先进个人，药物分析和化学教研室为吉林医药学院科研先进集体。

近五年来，药学院的各项建设均实现了跨越式的发展，已形成了以药学专业为主，医药结合、药工结合、药管结合，理、工、管一体的发展格局，在我省药学本科教育中规模较大、设置专业较全。