吉林大学的管理机构分为校部机关机构、群团组织、派出机构和直属单位四类。主要负责学校的各项管理工作，也是每个学校必不可少的机构。

校部机关(1、党政职能部门 2、附属单位 3、群团组织 4、派出机构和延伸机构)

直属单位(1、具有部分管理职能的机构 2、业务机构)

校部机关

1、党政职能部门

（1）党委职能部门

党委办公室 纪委办公室

党委组织部 党委宣传部 党委统战部(港澳台侨办公室)

（2）行政职能部门

校长办公室 政策法规办公室 学科建设办公室(“211”工程办公室、“985”工程办公室)

学位办公室 研究生培养处 研究生管理处(研究生工作部) 研究生综处

教务处 科学技术处 社会科学处 人事处 学生处(学生工作部)

监察处(与纪委办合署办公) 财务处

国际合作与交流处(港澳台办公室) 保卫处(保卫部、武装部、综合治理办公室)

审计处 资产与实验室管理处 成人教育处

离退休工作处 后勤处 基建处 产业处 医务处

2、附属单位

信访办公室 党校办公室 组织员办公室 网络信息管理办公室 校报编辑部

电视台 综合信息办公室 北京办事处 吕振羽纪念室 考试中心

教育技术中心 房地产开发置换工作办公室

3、群团组织

教育工会 团委 妇委会

4、派出机构和延伸机构

（1）派出机构

校区事务专员办公室

前卫校区事务专员办公室

南岭校区事务专员办公室

朝阳校区事务专员办公室

南湖校区事务专员办公室

（2）延伸机构

教务办公室 科技办公室

前卫校区教务办公室 前卫校区科技办公室

南岭校区教务办公室 南岭校区科技办公室

朝阳校区教务办公室 朝阳校区科技办公室

南湖校区教务办公室 南湖校区科技办公室

学生工作办公室(团委) 财务办公室

前卫校区学生工作办公室(团委) 前卫校区财务办公室

南岭校区学生工作办公室(团委) 南岭校区财务办公室

朝阳校区学生工作办公室(团委) 朝阳校区财务办公室

南湖校区学生工作办公室(团委) 南湖校区财务办公室

资产办公室 成人教育办公室

前卫校区资产办公室 前卫校区成人教育办公室

南岭校区资产办公室 南岭校区成人教育办公室

朝阳校区资产办公室 朝阳校区成人教育办公室

南湖校区资产办公室 南湖校区成人教育办公室

保卫办公室 后勤办公室

前卫校区保卫办公室 前卫校区后勤办公室

南岭校区保卫办公室 南岭校区后勤办公室

朝阳校区保卫办公室 朝阳校区后勤办公室

南湖校区保卫办公室 南湖校区后勤办公室

离退休工作办公室

前卫校区离退休工作办公室

南岭校区离退休工作办公室

朝阳校区离退休工作办公室

南湖校区离退休工作办公室

直属单位

1、具有部分管理职能的机构

机关党委 后勤服务集团党委纪委) 产业党委 离退休党委(各校区设校区离退休党委)

校友工作办公室(教育基金会) 毕业生就业指导中心 注册中心

采购管理中心 国际交流中心 普教办公室 科技园办公室

网络中心 档案馆 保密工作办公室

2、业务机构

图书馆 出版社 测试科学实验中心 高等学校化学学报编辑部

自然科学学报编辑部 社会科学学报编辑部 博物馆

远程教育学院 深圳研究院 前卫校区医院 南岭校区医院 朝阳校区医院

南湖校区医院 新民校区医院(附属于中日联谊医院)