霍华德·休斯医学研究所（英文: The Howard Hughes Medical Institute, HHMI) 是美国一个非营利性医学研究所。是由著名飞行员，工程师霍华德·休斯于1953年成立的。 截至2009年底为止，它是美国规模最大的私人资金资助生物和医学研究的组织之一。

HHMI是全球规模最大的非盈利性私立医学研究所-基金会，拥资 120亿美元，为美国第二大的慈善机构，仅次于比尔与梅林达盖茨基金会。 多年来，HHMI已经拨款 15 亿美元用于支持医学研究与教育。该基金会拥有 318 名研究员，大多来自全美一流学府，其中不乏大师级学界泰斗，包括7位阿果奖得主。100多位美国科学院院士，以及才华横溢的新星。入选的二十几位华裔研究员像王晓东，许田，张毅等等全都是各自专业领域中的姣姣者。

HHMI 支持范围包括数百个国际一流实验室，为每位研究员提供大约100万/年研究经费，每次任期5年，以支持创造性但高风险的研究工作，并使这些科学家集中精力，不必再为申请 NIH 基金分心。医学及本科基础教育亦属于支持范围。HHMI与联邦主要医学生物学基金管理机构国立卫生研究院(NIH)既有互补 (如2001年以来HHMI对骨髓干细胞研究的重点支持)，又有协作 (projects and the funding mechanisms)，相得益彰。