环境资源微生物技术研究所隶属于华中科技大学生命科学与技术学院，原名环境资源微生物技术实验室。现任所长为张晓昱教授。

该所主要研究方向为：资源微生物获取与工程技术、木质纤维素微生物降解与转化理论、生物质能源，中药微生物提取、复配与转化技术、农副产品深加工、难降解污染物污染体系生物修复。