在进行有性生殖时，合子刚一萌发就进行减数分裂，所以这类植物的减数分裂叫做合子减数分裂。合子减数分裂（zygotic meiosis）.

也叫初始减数分裂(initial meiosis),仅见于真菌和某些原核生物部分低等植物(如衣藻、团藻、丝藻、水绵和轮藻等)，减数分裂发生于两个正负配子产生后，及合子形成之后，形成单倍体的孢子，孢子通过有丝分裂产生新的单倍体后代。整个过程十分简单。