海洋保护区（marine protected Area）具有各种不同的定义，有些定义将其看作是纯粹的水域保护区，也有些包括一定陆地区域的海岸带保护区；有些是严格的海洋自然保护区，也有些是不同类型的海洋管理区（Agardy，1997b）。为了指导各国海洋保护区的建设国际自然保护联盟（IUCN）将海洋保护区定义为：“任何通过法律程序或其他有效方式建立的，对其中部分或全部环境进行封闭保护的潮间带或潮下带陆架区域，包括其上覆水体及相关的动植物群落、历史及文化属性”（IUCN，1994）。该定义涵盖内容相对广泛，凡是符合国际自然保护联盟保护区目标的各种类型和规模的海洋保护区都包括在内。

1988年，在哥斯达黎加举行的国际自然保护联盟（INCN）第十七届全会决议案中，明确了海洋保护区的目标在于：“通过创建全球海洋保护区代表系统，并根据世界自然保护的战略原则，通过对利用和影响海洋环境的人类活动进行管理，来提供长期的保护、恢复、明智地利用、理解和享受世界海洋遗产”（Kelleher，1999）。

在实践中，沿海各国根据国际自然保护联盟的定义，并结合各自的实际情况，采用了不同的海洋保护区定义。目前，我国海洋管理部门和大多数学者认可的海洋保护区定义是：“是指以海洋自然环境和自然资源保护为目的，依法把包括保护对象在内的一定面积的海岸、河口、岛屿、湿地或海域划出来，进行特殊保护和管理的区域”。

海洋保护区的概念是于1962年世界国家公园大会(world Conference of National Parks)首次被提出。