海水分子热传导率是指海水传导热的能力。在海水静止或处于层流状态时，海水分子和海水中的溶解物质的运动是不规则的，由于这种不规则运动，使相邻水层内的分子产生交换，如果相邻水层的温度不同，则交换作用将导致热量转移，热量自高温区向低温区传导。在1秒钟内，热量在单位面积上所传导的卡数与温度在垂直于这一面积的方向上，1厘米内变化之值成比例，即Q=-r△T/△n，比例系数r称为热传导系数。对纯水来说，温度15℃时的热传导系数值为1.39×10-3卡秒-1度-1厘米-1，海水的热传导系数较纯水略小，并随温度的增加而增加，随盐度的增加而减小。这种由于分子不规则运动而引起的热传导，称分子热传导。分子热传导的效应很小，据计算，在只有分子热传导的情况下，若表层海水温度为30℃、100米处海水温度为0℃时，100年后100米处的水温才能增高7.3℃。在自然界中，海水不可能处在静止或层流状态，而是经常处于涡动状态，在这种情况下，相邻水层的热量交换则不以分子交换为限，而是以大小水块间的交换为主。此时，分子热传导系数r以涡动热传导系数A代替，它比分子热传导系数大几百万倍。