海军指挥自动化系统是以电子计算机为核心的指挥自动化系统，把决策系统中的指挥、控制、通信和情报紧密结合为一体,组成指挥自动化系统,辅助指挥员快速完成目标识别、目标指示、威胁判断、目标跟踪、作战方案选择、命令传达和武器控制等任务。20世纪80年代末，单舰指挥控制系统的反应时间缩短到十几秒甚至几秒。舰艇指挥控制系统趋于采用多总线分布式结构、32位超级小型机、微机或阵列计算机、信号处理机，以提高实时性，减少系统反应时间；用光纤总线代替电缆，提高系统的容量和抗电磁干扰能力；采用冗余容错技术，增加可靠性；大力开发“智 能”软件，提高辅助指挥决策能力；用光栅、液晶、等离子大屏幕显示技术与声电转换技术，改善人-机界面。

21世纪海军将发展以信息为核心的一体化C4ISR系统，将立体化的战场侦察、监视、预警、情报和指挥、控制、通信、计算机系统有机地联为一体，实现高感知度的战场侦察监视预警和高效的指挥控制。