指蛋白质的内含子。

同mRNA一样，一些前体蛋白质具有内含子(intein)序列，位于多肽序列的中间,经加工切除后，两端的蛋白质外显子 (extein)连接为成熟蛋白质分子。

特点：

①. 切割位点保守：

内含子前面常为半胱氨酸，后面序列是组氨酸－天门冬酰胺；内含子后面外显子序列的前面常是半胱氨酸、丝氨酸

和苏氨酸；存在一些保守序列。

②. 具有自动切割加工能力：

如果蝇胚胎发育的内含子蛋白质(Hedgehog)。

③. 蛋白质内含子片段具有核酸内切酶活性：

杂合体中，无内含子的DNA序列，经内含子的切割跳跃而成为纯合子。