广西北海海洋环境监测中心站机构组成分三大部分，一是广西区属北海海洋环境监测中心站，成立于1985年1月，是广西壮族自治区环境保护厅直属的正处级公益性事业单位，属一级监测站；二是中国环境监测总站南海近岸海域环境监测西站，成立于2002年5月，为中国近岸海域环境监测网副组长单位，与广西北海海洋环境监测中心站同一套机构；三是广西合浦儒艮国家级自然保护区管理站，是广西壮族自治区环境保护厅直属的正科级公益性事业单位。

广西北海海洋环境监测中心站、中国环境监测总站南海近岸海域环境监测西站、广西合浦儒艮国家级自然保护区管理站是三个牌子、一套班子。

主要职能是负责广西近岸海域的环境质量监测、广西入海污染源的常规监测、事故应急监测，负责组织南海西部近岸海域和北部湾近岸海域环境质量监测、入海污染源的常规监测、事故应急监测，负责“广西近岸海域环境质量报告书”、“广西区环境质量报告书（海洋部分）”、“广西近岸海域环境监测报表” “广西近岸海域入海污染源监测报表”等的编制工作，参与海洋环境标准、技术规范、监测方法的研究、制订和验收工作；保护以儒艮和中华白海豚为主的珍稀海生动物及其栖息环境，维护生物多样性。