高邮湖大银鱼湖鲚国家级水产种质资源保护区总面积4457公顷，其中核心区面积996公顷，实验区面积3461公顷。核心区特别保护期为全年。保护区位于江苏省高邮市、金湖县的高邮湖，范围在东经119°15′-119°22′，北纬32°53′-32°56′之间。保护区东以六安闸航道西部为起点，向南延伸4765米至马棚湾航道中部；南沿马棚湾航道向西延伸3651米，至金湖县境内拐向西南至朱桥圩；西由朱桥圩转向朱尖南，并延伸1700米至石坝尖；北由石坝尖延伸4237米至新民村硬滩地，再向东延伸5207米至六安闸航道西部。核心区位于整个保护区中部，东从马棚湾主航道中部向北1200米处为起点，向北延伸2454米至修复区西北基地；北从修复区西北基地向西南延伸4132米至石坝尖外1500米处；西由石坝尖外1500米处向东南延伸2641米至高邮、金湖交界水域；南从高邮、金湖交界水域向东北延伸3719米至马棚湾主航道中部向北1200米处。实验区为保护区中除核心区以外的水域。主要保护对象是大银鱼、湖鲚，其他保护物种包括环棱螺、三角帆蚌、黄蚬、秀丽白虾、日本沼虾、鲤、鲫、长春鳊、红鳍鲌、翘嘴鲌、鳜、黄颡鱼等。