“柑桔学重庆市市级重点实验室”依托中国农业科学院柑桔研究所，2005年开始筹建和申报， 2006年经重庆市科委批准立项建设，2008年建成。

实验室以依托单位拥有的“国家果树种质（重庆）柑桔圃”、“国家柑桔品种改良中心”、“国家柑桔苗木脱毒中心”、“农业部柑桔及苗木质量监督检验测试中心”和“重庆市柑桔百万吨工程项目无病毒一级采穗圃”等创新平台为基础，以适应重庆市柑桔科技创新和产业发展需求为目标，按照在现有基础上整合资源、填平补齐的原则，通过加强重点学科和硬件条件建设，建立科技创新团队和“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，在3年内（2006－2008年）将实验室建成国内一流的柑桔科技创新、国际柑桔科技合作与交流以及人才培养平台。

实验室建成后，整体达到国内一流水平，硬件条件、重点学科领域和创新团队达到国际先进水平。通过柑桔学理论创新，引领柑桔科学技术发展方向，代表重庆市参与国内国际柑桔科技竞争。通过实验室强有力的技术创新，形成一批高质量的科技成果，解决重庆市柑桔产业发展中的重大技术问题，为重庆市和我国柑桔产业可持续发展提供科技支撑。