藏经殿在钟楼东南侧，建于清顺治十六年，内存自宋朝以来历代皇帝御赐的各种经书，加上本寺刻印的经书共20346册,放在十二个大橱内；其中有清康熙到乾隆年间御赐的经书《明朝南藏》、《明朝北藏》、《清朝梵本》、《书本藏》、《日本叙藏》 以及御笔《药师经》等几千部。

这里还存有用血书写的经书557册。这是涌泉寺“三宝”之一。这些血经系清光绪年间，华能和尚刺臂血，由信士王谷楷书“大乘般若波罗密真经”全部，定慧大师刺血、克定书写“佛说四十二章经”等。用鲜血写成几百册佛经，需要很长的时间和大量的鲜血，这就需要刺血的人长期不吃盐，血在书写时才不会很快凝固。这些佛经中，一部分字呈鲜红色，是因为在血中调了朱砂；一部分暗红色，则是不调朱砂的。血书数百册佛经，表达了血书人十分的虔诚和不凡的毅力。

《华严疏论纂要》一书共１２０卷，是清康熙七年涌泉寺住持道霈，花费十年时间在唐朝古佛学著作《华严疏钞》、《华严经论》基础上重新删节订正而成，是我国佛学的代表性著作之一，为稀世之宝。后来弘一法师将其中十二部翻印出版分赠给日本各大禅院。涌泉寺曾是我国一所佛学著作出版机构，至今还保存各种著作、佛像、书法的雕版共11375块，刻工谨严，一丝不苟。因此，这里的藏殿被世人称为“藏佛典古版之宝窟”。雕版和血经亦为镇寺之宝。藏经殿中的舍利塔里保存舍利珠和灵牙。