分子对接（molecular docking）使依据配体与受体作用的“锁-钥原理”(lock and key principle)，模拟小分子配体与受体生物大分子相互作用。配体与受体相互作用是分子识别的过程，主要包括静电作用、氢键作用、疏水作用、范德华作用等。通过计算，可以预测两者间的结合模式和亲和力，从而进行药物的虚拟筛选。

分子对接首先产生一个填充受体分子表面的口袋或凹槽的球集，然后生成一系列假定的结合位点。依据受体表面的这些结合点与配体分子的距离匹配原则，将配体分子投映到受体分子表面，来计算其结合的模式和亲和力，并对计算结果进行打分，评判配体与受体的结合程度。

2 分子对接的原理

2. 1 分子对接的一般原理

分子对接是将已知三维结构数据库中的分子逐一放在靶标分子的活性位点处。通过不断优化受体化

合物的位置、构象、分子内部可旋转键的二面角和受体的氨基酸残基侧链和骨架, 寻找受体小分子化合物

与靶标大分子作用的最佳构象, 并预测其结合模式、亲和力和通过打分函数挑选出接近天然构象的与受体

亲和力最佳的配体的一种理论模拟分子间作用的方法。

2. 2 分子对接的互补性

影响复合物分子稳定性的主要因素是疏水作用和键合力大小, Audie 等[ 2] 建立了一种新的经验自由

能公式, 该方法能够预测蛋白质2蛋白质键合力大小, 准确率达到89% 。而影响键合力的因素有作用位点

空间位的互补、静电相互作用和氢键等, 且溶解熵对稳定受体2配体复合物起着重要的作用[ 3] , 所以分子对

接的过程主要包括分子间的空间互补和电学性质互补。空间互补是分子间发生相互作用的基础, 能量互

补是分子间保持稳定结合的基础。

3 分子对接的种类

分子对接的种类主要包括：

（1）刚体对接：指在对接过程中，研究体系（受体和配体）的构象不发生变化。适合考察比较大的体系，如蛋白质和蛋白质间以及蛋白质和核酸之间的对接。

（2）半柔性对接：指在对接过程中，研究体系尤其是配体的构象允许在一定的范围内变化。适合处理大分子和小分子间的对接，对接过程中，小分子的构象一般是可以变化的，但大分子是刚性的。

（3）柔性对接：指在对接过程中，研究体系的构象基本上可以自由变化的。一般用于精确考虑分子间的识别情况。由于计算过程中体系的构象可以变化，所以计算耗费最大。