对双键化合物的顺反标记法对双键原子所连有的基团是有严格要求的，不适用于所连基团不相同时的情况，有很多缺点。因此，就要使用另一套命名双键化合物的规则—E/Z标记法。Z来源于德语的“zusammen”，意为“在一起”，与cis相当；E来源于德语的“entgegen”，意为“相反”，与trans相当。

在使用E/Z标记时，首先要根据顺序规则确定每个双键原子所连两个基团的优先顺序。若两个双键原子所连的较优先的基团处在双键同侧，则称之为“Z-异构体”；反之则称为“E-异构体”。

但是要注意，顺式不一定就是"Z",反式不一定就是“E”！