发酵工程教育部重点实验室（根据教育部教技函[2011]6号文件精神，依托湖北工业大学建设的发酵工程省部共建教育部重点实验室，日前，正式以教育部重点实验室名义开放运行，成为湖北工业大学首个教育部重点实验室，规范名称为“发酵工程教育部重点实验室”）是在工业微生物湖北省重点实验室的基础上，依托湖北工业大学，整合省内科研优势资源，针对湖北发酵产业现状及问题，应用生化工程、现代微生物技术的理论和手段，研究发酵工程领域重大产品共性及关键技术中的基础理论及机理，并适度延伸传统发酵产业产品技术升级及工艺改造，建立综合创新技术研发平台，服务区域经济，成为推动湖北发酵产业科技进步、技术创新及转移、学术交流及合作以及人才培养的开放基地。中国工程院院士杨胜利担任实验室学术委员会主任。实验室主任由“楚天学者”、工业微生物湖北省重点实验室主任、博士生导师汤亚杰教授担任。

实验室下设3个研究室、1个分析测试中心和1个中试基地，拥有总面积为3610平方米的实验室和4000平方米的产学研中试基地，仪器设备总值2230万元。

实验室汇聚了毕业于美国麻省理工学院、康奈尔大学，英国牛津大学、威尔士大学以及国内知名高校的一批年轻学者。近五年，先后承担各类科研项目136项，其中国家级及省部级项目72项，横向项目64项，12项科技成果达到国际先进或国内领先水平，成果转化17项，获省部级科技进步一、二、三等奖共计8项，二项为国家火炬计划项目；获国家发明专利25项；在三大检索刊源、核心期刊发表论文576篇，其中SCI收录65篇，EI收录26篇，编写教材15部。

实验室将在工业微生物菌种筛选与遗传改造、发酵过程工程、发酵产品的分析检测与分离纯化三个方向开展科学研究工作。通过对生物医药(块菌、灵芝)、生物能源(燃料酒精、沼气、氢气)、生物材料(魔芋多糖及茁霉多糖)和大宗化学品(乳酸、氨基酸)以及传统酿造品(白酒、啤酒、调味品) 的重点研究，将发酵工程三大关键科学技术问题，即：工业微生物菌种的筛选和遗传改造(上游)、发酵过程工程(中游)、发酵产品的分析检测与分离纯化(下游)，串联起来，形成从应用基础研究到产品开发的完整研发技术平台体系。