店埠历史悠久， 1500多年前的刘宋初年，店埠为“慎县”边域，设置界碑。东周列国时期即有“唐、杨”两姓定居，名唐杨村。以后因有住户开设商店，三国时期即称“店铺”。随着人口增多，商业发展，逐渐形成商埠，后又改“铺”为“埠”。南宋时店埠已成军家争夺之地，宋金曾大战于店埠，宋将杨沂中等曾在店埠击败金兀术，明代起义军首领张献忠曾占店埠、攻合肥。清代太平军亦曾自巢湖边的施口登岸北进攻店埠。连接城区东西两部的店埠河上的通济桥，为明嘉靖年间所建。清《续修庐州府志》载重修店埠石桥碑文云：“庐州府之东四十里有市曰店埠”。古店埠街区有“三庵”（华严庵、地藏庵、白衣庵）、“七庙”（东岳庙、南岳庙、龙王庙、娘娘庙、关帝庙、百神庙、胡公庙）、“一寺”（包城寺）以及宋家花园、李家花园等。明清时期，店埠为合肥东乡商业重镇，尤以米市著称。民国初期市面仍较兴盛。抗日战争时期，要战火蹂躏和通货膨胀的影响，渐趋衰落，解放初只有“T”字形小街两条，总长不到1公里，房屋破旧，街道狭窄，青石路面坎坷不平，人口2000余，仅有40多家小手工业、作坊和店铺，市面萧条。

解放后，店埠先为乡级镇，后为区级镇，是肥东县、店埠区、店埠镇党政机关所在地，从此日趋繁荣昌盛， 1985年，有街道6条，城区面积约为解放初的13倍，幢幢楼房如雨后春笋拔地而起，街面宽阔整齐，供电、供水等基础设施完备。街道两侧，机关、学校、工厂、居民宅院及空隙地，植有法梧、香樟、雪松、冬青、黄杨及其他多种常绿观赏花木。随着城区人口的不断增多，为解决供需矛盾，设置镇南、镇西两个蔬菜村居委员会，有7个生产队专门从事蔬菜生产。商业、服务业门类多种，分布于大街小巷，工业除国营和大集体外，镇办的有100多家，1985年总产值1300多万元。面貌日新月异，成为全县政治、经济、文化的中心。