1918年夏，孙中山被南方军政府中的桂系军阀所排挤，6月离广东赴上海，他领导的第一次护法运动失败。

粤军陈炯明是孙中山在第一次护法运动中任大元帅时亲自培植起来的。1920年8月，在孙中山一再催促下，陈炯明发动对桂系的进攻，重建广东护法军政府，1921年4月7日，国会非常会议参众两院联合会议选举孙中山为非常大总统，委陈炯明为护法军政府陆军部长、内务部长。孙中山再次举起护法旗帜，这就是第二次护法运动的开始。

1921年6月，广东军政府发动粤桂战争，打败桂系，统一广西。孙中山计划由桂入湘北伐，而陈炯明却与湖南军阀赵恒惕结成反孙联盟，暗杀了拥护孙中山的粤军参谋长邓铿，还囚禁廖仲恺，在后方牵制北伐力量，迫使孙中山回师广东。1922年5月，孙中山由广东进攻江西，北伐直系，6月，陈炯明叛变，孙中山从前线返回广州时，陈炯明炮轰总统府。孙中山避入永丰舰（后改称中山舰），8月被迫到上海。第二次护法运动失败。这是孙中山遭受的他一生中最惨重的一次失败，标志着中国资产阶级领导的旧民主主义革命的没落。