等位酶作为一种特殊形式的同工酶，它由一个基因位点、不同等位基因编码。根据等位酶谱带的遗传分析确定出每种等位基因在居群中的频率，从而计算出它们的遗传相似度或遗传距离，再根据遗传距离分析植物对污染的适应过程中遗传结构变化，依据分子钟进化理论计算出遗传进化的理论时间，从而评估污染对植物进化影响的速度和强度。目前的研究结果表明，经历污染时间越长，居群间的遗传相似系数就越小。