疣微菌门(Verrucomicrobia)是一门被划出不久的细菌，包括少数几个被识别的种类，主要被发现于水生和土壤环境，或者人类粪便中。还有很多未被成功培养的种类是和真核宿主共生的，包括一些原生生物的外共生菌和线虫动物配子中的内共生菌。

疣微菌门生物中的疣微菌属(Verrucomicrobium)和突柄杆菌属(Prosthecobacter)具有胞质突出形成的两个到多个突起，因此得名。它们通过二分分裂繁殖。它们的最近类群可能是衣原体门。