在mRNA翻译为肽链的时候，肽键的形成是自动发生的，不需要额外的能量，这一反应是由肽基转移酶（peptidyl transferase ）催化的，它催化核糖体A位tRNA上末端氨基酸的氨基与P位肽酰-tRNA上氨基酸的羧基间形成肽键。其结果,使A位的氨酰-tRNA上的多肽延长了一个氨基酸,而P位的氨酰-tRNA形成脱氨酰-tRNA。该酶是核糖体50S大亚基的组成成分。多年来一直认为肽基转移酶是组成50S大亚基的一种蛋白，现在已经清楚，它是构成核糖体的RNA，是一种核酶。