衢州市卫生局坐落在浙江衢州市荷花新区，是我市卫生行政主管部门，行使全市范围内的卫生监督、疾病控制、妇幼保健、医政、药政、中医、医学教育和医学科研等管理职能，内设办公室、医政处（中医管理处）、卫生监督处（法制处）、疾病控制处（市爱国卫生运动委员会办公室、市地方病防治领导小组办公室）、规划财务处共五个处室。现有在职机关工作人员22人。

衢州市卫生局直属医疗卫生机构9家，共有房屋面积90131平方米，开放床位854张。有在职人员1486人，其中专业技术人员1139人，拥有副高以上的高级职称技术人员149名，占全市高级职称技术人员的44.48，中级职称385名。固定资产总值达22053.2万元，其中万元以上设备7381.45万元。