吲哚那韦的标准剂量是800mg每日3次,必须空腹服用(如进食前1小时或进食后2小时).24小时内至少饮水1360g,以预防肾结石.吲哚那韦不能与特非那定,阿司咪唑,西沙比利,三唑仑或咪达唑仑合用,因为竞争细胞色素P-450会导致这些药物的代谢受抑制,引起严重的副作用.主要的副反应肾结石可见于4%的患者,通常这种副反应可通过增加摄水量而消除,必要时应停止用药.无症状性高胆红素血症见于10%的用药患者.同其他蛋白酶抑制剂一样,影响细胞色素P-450的药物应避免使用.利福布丁能降低吲哚那韦的血清浓度；而酮康唑则相反.对利托那韦有交叉耐药,对其他HIV蛋白酶抑制剂的交叉耐药程度不同.去羟肌苷不能同时服用,因为它的缓冲剂会降低吲哚那韦的吸收.