山东省莒南县档案馆是中共莒南县委、莒南县人民政府直属的文化事业机构，成立于1959年3月，1991年，局馆共有工作人员18人，内部机构有档案管理股、业务指导股、编研股和办公室。1993年12月，档案局撤销，保留档案馆为局级事业单位。1995年9月恢复莒南县档案局，局馆合署办公，内设档案管理科、业务指导科、编研科、办公室。人员编制档案局5人，档案馆17人。2002年县乡机构改革，莒南县委、莒南县人民政府公布档案馆挂档案局的牌子，授权行使有关行政职能，使用事业编制，人员编制17人，2003年8月，根据莒南编发（2003）5号文，档案局设“现行文档信息中心”，不增加编制，内部科室增加到5个。 2000年，莒南县档案馆积极开展档案征集接收工作，分三批接收2万余卷档案进馆，征集文革期间及建国前和毛泽东批示的莒南县三个先进单位的档案资料900多件，征集反映地方特色的罗生特、山东省政府、八路军115师在莒南活动等资料、照片500多份。截止2005年，档案馆现有馆藏135个全宗，各类档案5.69万卷，排列长度842米，资料1.32万册，馆藏门类达22个，其中土地证档案943盒，婚姻登记档案781盒，路政案审档案194盒，案审档案1333盒，另有名人档案、罗生特在莒南、毛泽东批示的三个单位专题档案及党史书稿等，软盘、光盘、照片等不同载体的档案数量也有了大幅度的增加，馆藏结构更加趋向合理，较好的体现了地方特色，现有馆藏档案的检索体系包括档案馆指南2编，案卷目录460本，全引目录482本，分级目录50册，文号索引162册，文卡、人卡近10万张，专题目录18册， 资料目录40册，微机著录已经完成1万余卷，5.7万条，并初步实现了档案著录、编目、检索、利用现代化，建立了馆藏珍贵档案全文数据库，扫描革命历史档案600多页，档案信息化建设有了初步成果。

根据1988年颁布的《莒南县档案馆开放档案实施细则》，档案馆分别于1991年、1992年、2002年分三批向社会开放革命历史档案和现行机关档案127个全宗，6587卷，10.6万份文件，内容包括政治、经济、科学技术、文化等各个方面，先后编制了开放档案目录156册，并及时通过电视台、报刊等媒体向社会各界通告，发布目录。近几年，围绕本县建设莒南、发展莒南、富强莒南、和谐莒南，档案馆创新机制，变被动服务为主动服务，编辑制作了反映莒南历史、经济文化概况宣传版面，建立了“爱国主义教育基地”。立足现有馆藏档案资料，先后编辑出版了编研资料33种，达87377千字，其中公开出版发行的有《莒南县档案馆指南》、《山东省第一个新青团支部》、《中共山东省莒南县组织史资料》等10种，6713千字，内部出版23种，2024千字，档案资料、专题资料汇编30余种，利用档案为主题编纂的《莒南县村级组织史资料》，分别获得省、市利用档案成果二等奖。

1991年，莒南县档案馆晋升为省二级先进档案馆。2002年认定为规范化目标管理省一级先进。