元代，福州路军事机关和驻军有万户府

至元二十四年(1287年)，移济南东平万户翼戍福建，后为亳州上翼。至元二十七年，复设福新万户翼，辖新军。又令二翼官属相参署事，号称福兴镇守万户。大德四年(1300年)定例，兴化路只令千户镇守，亳州与福新轮委万户一员分镇，一年一更，其汀、泉、漳等路并委百户。至大元年(1308年)又令亳州与福新轮委万户一员在沿海上、中、下三流巡防，半年一更。亳州翼万户府为上万户府，设达鲁花赤(蒙人担任)、万户、副万户各一员，幕官有经历、知事、提控案牍各一员。府有译吏1人，司吏6人。下设镇抚所，有镇抚2员(蒙、汉各1员)，都目1员，司吏1人。

亳州翼万户府下辖高唐冠州千户翼和东平等路千户翼等11个千户所。高唐冠州千户翼设达鲁花赤、千户、副千户各1员，提控案牍1员，司吏不详，弹压2员(蒙、汉各1员)；上百户2员，下百户15员。其余各所设官略有不同。