组蛋白甲基转移酵素 (HMT) 是一类酵素/酶, 当中有组蛋白赖氨酸n-甲基转移酶和组蛋白精氨酸n-甲基转移酶。

从辅酶s -腺苷蛋氨酸及赖氨酸和精氨酸残留的蛋白,HMT可以作催化一至三个甲基集团的转移作用。这些蛋白往往含有一种SET（Su(var)3-9 ，zeste的增强剂 ， Trithorax ）域，但最近发现HMT Dot1 缺乏特征性的SET域。

组蛋白甲基转移酵素在遗传过程中进行基因调控。甲基化的组蛋白基因结合更加紧密，可以抑制遗传转录。