自然博物馆新馆方案定为“根包石”方案，“根包石”的创意方案，灵感来源于遍布巴渝大地的黄葛树根，树根盘绕于顽石的夹缝间，深深扎根于巴渝的沃土之中。它的特有形态反映了自然界旺盛的生命之美，体现了人与自然的和谐之美，展现了人类奋发图强的劳动之美。按照这一构思，新馆通过主馆伸展的“根茎”把户外各园区联系起来，凹凸的脉络形成了建筑的形态和肌理。伸展的根系牢牢扎根于场地之上，将主体建筑和室外园区有机的联系在一起。按照建设构想，新馆将分为馆、园两部分。馆的功能是科研、收藏和展示，目标是建成为国家区域中心级自然博物馆。园的功能是游览、休闲和娱乐，目标是建成为内涵丰富、特色突出、对公众具有吸引力的自然（科学）主题公园。