准噶尔褶皱系（Junggar fold system）为一华力西褶皱系。西南以比艾比湖深断裂与天山褶皱系相邻。奥陶系、志留系有较典型的蛇绿岩套，泥盆系和石炭系则为以安山岩为主的火山岩及火山碎屑岩建造。中、晚石炭世地槽自北而南逐渐封闭，早二叠统为磨拉石，晚二叠世陆相碎屑岩系构成后华力西地台盖层。对准噶尔盆地基底性质的认识意见尚不一致，有人认为基底属前古生代，构成准噶尔地块；有人则认为基底大部仍为华力西褶皱。