舟山保税港区根据业务的类型将港区分为舟山海洋科学城(钓梁区块)、衢山岛、岱山大长涂岛三个区块。舟山海洋科学城(钓梁区块)港口功能定位为：保税仓储、开展国际转口贸易产业，产业定位：海洋工程和船舶、水产加工业、海洋新能源产业及相关新兴海洋产业。衢山岛港口功能定位为：大宗散货国际贸易服务、大宗散货仓储配送业，产业定位：矿石初加工业、煤炭储配业。岱山大长涂岛港口功能定位为：大宗散货国际贸易服务、船用保税燃料油仓储及配送业务，产业定位：临港石化产业。国务院批复的《长江三角洲地区区域规划》中提出“设立舟山海洋综合开发试验区”。建设舟山海洋综合开发试验区，打造国际物流岛，其前提条件是在舟山建设一个独立的舟山保税港区，建立国际物流岛的核心功能。在舟山海洋综合开发试验区建设舟山保税港区，有利于把舟山的区位优势、港口优势和自由贸易的保税政策、功能优势结合起来，扩展港口国际中转、国际配送、国际采购、国际转口贸易和出口加工四大功能，推动舟山港口发展由单一货物运输向综合物流贸易转变，实现宁波舟山港与上海国际航运中心的对接与错位发展，成为我国乃至全球最大的大宗商品国际枢纽港。