仲子书院遗址位于山东省微山县鲁桥古镇老运河西岸，面积17820平方米，房屋四间及院落、大门、侧门、广场。据光绪二年（1876年）《仲里志》记载：仲子书院在济宁州南六十里鲁桥洲上，初名仲氏书堂。嘉靖二十二年（1544年）兖州知府程尚宁更名为仲子书院。