重庆医科大学药学院下设药物化学、药物分析、药剂学、临床药学、药理学、药事管理学6个教研室和药学实验管理中心。学院现有药学一级学科博士后科研流动站1个,药理学博士学位授权点1个；药物化学、药物分析、药剂学、生药学、药理学、微生物与生化制药硕士学位授权点6个；药理学、药物化学为重庆市重点学科；招收4个专业(方向)本科学生：药学、临床药学、工业制药、药物分析。

学院现有教职工65人，其中专职教师57人，党政管理人员3人，技术人员5人。教师中具有高级职称的30人（教授10人，副教授20人），占教师总数的52.63%；具有研究生学历的47人（博士生17人，硕士生30人，占教师总数的82.46%。博士生导师7人，硕士生导师23人，国务院政府特殊津贴专家2人，国务院学位委员会评审专家1人，国家新药及食品评审专家6人，重庆市首批学术技术带头人3人，重庆市首批学术技术带头人后备人选3人，重庆市高校优秀中青年骨干教师2人，重庆市政府“322”重点人才工程第二层次人选1人。

全院教师承担了本专科、研究生等层次50余门理论课和14门实验课。学院已培养180余名研究生和1500余名本专科学生，目前在读研究生162人，本专科学生605人。药学院作为重庆市执业药师培训中心，每年承担执业药师继续教育及考前培训工作，取得了良好的社会效益。

学院教师在完成教学工作任务的同时，积极开展科学研究，并注重创新及产学研的有效结合，与制药企业、科研院所建立了良好的关系。近年来，该院获得国家自然科学基金课题11项，省部级课题26项，厅局级和横向课题50余项，在研经费740余万元，获中国发明专利6项，新药证书及生产批文21件，转让科研成果50余项，发表科研论文300余篇，被SCI、EI收录50多篇。

在重视内部整合、优化、提高的同时，学院还注重对外交流，与美国俄亥俄州立大学、德克萨斯州立大学以及Merk公司建立了友好合作关系，并聘请多名专家为该院客座教授。