2005年12月28日，我国西部最大的集装箱中心站——重庆铁路集装箱中心站在重庆土主镇奠基。

根据铁道部初步设计批复，重庆铁路集装箱中心站施工总工期为两年，总投资5.89亿，新征用地2175.3亩。重庆市副市长童小平、成都铁路局副局长陈启华，沙坪坝区领导翁杰明、侯守渠、何泽政等为中心站奠基。

作为国务院批准的《中长期铁路网规划》中的18个集装箱中心站之一，重庆铁路集装箱中心站是铁道部在中国西部建设的最大的的集装箱中心枢纽站，中心站建成后将承担重庆铁路枢纽及周边300－500公里范围内集装箱运输的组织、编组、调配、信息管理和“一关三检”等作业，以及辐射全国的货物加工、储存、配送等业务。围绕中心枢纽站建设，重庆将在此建设20余平方公里的现代物流园区，形成重庆的现代物流高地。

童小平表示，重庆地处长江上游经济带的核心区、我国的东西结合部，具有承东启西、左传右递的作用，是全国性的综合交通枢纽中心。重庆铁路集装箱中心站的建设对建设铁路货运站的物流中心，带动和促进城市现代物流业发展将发挥十分重要的作用。她要求相关部门切实做好征地拆迁、社会治安综合治理、后勤保障等协调服务，为中心站的建设创造良好条件，确保中心站按时、高质量、高水平的建成投入使用。

2007年9月，铁道部对重庆土主铁路集装箱中心站功能和规模进行了重新调整，将重庆铁路集装箱中心站升级为国家级铁路综合物流中心。

土主铁路集装箱中心站在原有功能基础上新增加了快运、普通货物运输功能，并对主城区铁路网实行内客外货、客货分流。预计到2015年，该中心将完成集装箱运量81万标箱/年，快运货物140万吨/年，普通货物70万吨/年。到2025年将达到集装箱运量175万标箱/年，快运货物200万吨/年。

该项目于2007年12月正式开工建设。它由集装箱作业区、快运货物作业区、普通货物作业区等三部分组成。

2009年12月28日上午，重庆铁路集装箱中心站正式投入使用。

重庆铁路集装箱中心站所在的重庆市沙坪坝区土主镇团结村火车站，地处长江上游三峡库区及四川盆地东南部、中国经济发达的东部地区与资源富集的西部地区的结合部。

重庆铁路集装箱中心站填补了中国西部无现代化铁路物流枢纽的空白。

与此同时，28日还举行了重庆—广州集装箱班列首发仪式，重庆东站、重庆南站将结束货运历史使命停止运营。

重庆铁路集装箱中心站总投资达到了近10亿元、占地近2200亩。随着重庆东站、南站停止货物运营，今后凡进入重庆的集装箱火车，都要进入重庆集装箱中心站重新编组，然后再发往全国各地。为配合集装箱中心站的建立，重庆市还打通了集装箱中心站与襄渝铁路、渝遂铁路、渝怀铁路等8条铁路线路的连接，从重庆出发，货物只要15个小时左右就可运抵全国各地。

铁路集装箱中心站设有4台起重重量为40吨的轨道式龙门吊，这种国内最先进的龙门吊每台价值6000万元，每5分钟就可完成从一辆卡车拿下货物并码放好的动作。这样的吊装速度比国内其他铁路集装箱站场所采用的龙门吊快1分钟左右。更值得一提的是，客户拿到入场货位后，通过门检，就可以进入货位卸货，整个过程不超过半个小时。