重庆市水路客运市场交易中心成立于一九九八年十月十五日，是根据重庆市人民政府办公厅渝办发[1998]85号文《重庆市人民政府办公厅转发市经委关于成立重庆市水路客运市场交易中心请示的通知》要求，为配合重庆市水路客运市场整顿工作，规范水路客运企业的经营行为、实现沿江联网联治而成立的国有企业。重庆市水路客运市场交易中心与重庆市水路客运市场管理处系两块牌子一套班子，是隶属于重庆市港航管理局的国有企业和正处级事业单位。