重庆三峡农业科学研究所是三峡库区规模最大的综合性农业科研所，也是唯一有移民搬迁、复建任务的农业科研所。本所前身是1937年始建的四川省农业改进所合川稻麦场，1951年搬迁到现址建所，1983年被四川省定位为五大农业综合研究所之一，主要为原四川东部的万县、涪陵、达县等地区的约40个县市的农业生产服务。 1996年被农业部授予“合格研究所”称号。1998年3月由四川省万县市农业科学研究所更名为现名。 建所以来，共承担并完成了300多个各级各类科研项目，选育出新品种140个，取得科技成果奖225项；其中重庆直辖以来，育成新品种、品系27个，获成果奖市（省）级6项、区级13项。这些品种在川、渝、鄂、陕、湘等十余个省（市）广泛推广，创社会经济效益70多亿元。其中小麦山农205、玉米南七单交、油菜万油17等品种表现尤为突出。“优良玉米自交系南21-3的选育与应用”是重庆直辖以来农业领域授予第一个一等奖。发表和获奖学术论文743篇，独（合）著学术论著16部。

本所为正县级事业单位，现有1个所本部和3个基地。所本部占地735亩，在万州区龙都办事处；梁平试验基地256亩，万州高峰基地87亩，海南陵水基地19亩。建有国家级玉米原原种扩繁基地，下设种子开发公司等企业，中心化验室各种仪器设备初具规模，拥有固定资产4500万元，图书资料8万余册。全所职工253人，研究员 2名，高级农艺师 42名，农艺师 31名，国家特殊津贴专家7人，市级学术带头人1名，市级学术带头人后备人选1名，区级学术和技术带头人5人，硕士研究生3名，在读博士1名。常年承担国家、市、区各级部门下达的各类研究项目30项左右。主要从事农作物新品种选育及配套技术研究和农作物种子生产、经营工作。“十五”期间我所水稻、玉米、油菜、小麦、红薯五大作物都进入了重庆市联合育种攻关队伍，水稻、玉米相继为重庆市攻关主持单位。开发上利用所内部分闲置房屋土地对外出租、种子开发和新品种新技术的有偿转让等方式与隆平高科、德农正成等数十家企业合作取得了较大效益。