肠道细菌对少量未被消化的蛋白质（约占食物蛋白质5%）及未被吸收的氨基酸，小肽等消化产物的分解与转化作用，称为蛋白质的腐败作用。因此，蛋白质的腐败作用是细菌的代谢过程，以无氧分解为主。腐败作用的大多数产物对人体有害，如氨基酸脱羧反应产生胺类、脱氨基反应产生氨，以及其他物质，如苯酚、吲哚、硫化氢等；腐败作用也可产生少量脂肪酸、维生素等可被机体利用的物质。值得一提的是，酪氨酸脱羧产生的酪胺和苯丙氨酸脱羧产生的苯乙胺若不能在肝分解而进入脑内，可分别经β羟化形成β羧酪胺和苯乙醇胺，后二者与儿茶酚胺结构类似，称假神经递质，可对大脑产生抑制作用。