中央农业干部教育培训中心南京农业机械化分院办学历史可追溯至1977年下半年开始筹建的“农业部农业机械化干部训练班”。1979年3月开始办班，1980年5月正式设立“农业部农机化干部训练班”机构，1982年9月更名为“农牧渔业部南京农业机械化干部训练班”，1986年7月改名为“中央农业管理干部学院南京农业机械化分院”，2002年更名为“中央农业干部教育培训中心南京农业机械化分院”。分院现已成为我国南方地区农机化干部培训的重要基地。 中央农业干部教育培训中心南京农业机械化分院隶属于南京农业大学工学院。南京农业大学工学院是由我国最早创办的两个农业工程系—原金陵大学农业工程系和原中央大学农业工程系合并、发展而来，是我国农业工程学科的发源地之一。学院的农业工程学科为一级学科博士学位授权点；拥有农业机械化工程、农业生物环境与能源工程、农业电气化与自动化三个学科博士点，机械制造及其自动化等八个学科硕士点；设有农业机械化及其自动化、交通运输、机械设计制造及其自动化、材料成型与控制工程、工业设计、自动化、电子信息科学与技术、农业电气化与自动化、工商管理、工程管理、工业工程、物流工程等十二个本科专业。学院已经形成了以本科教育为主体、研究生教育迅速发展的办学格局。

分院位于六朝古都南京，南邻南京长江大桥，北邻风景秀丽的珍珠泉风景区、老山国家森林公园。校园环境优美，交通便利，教学科研和生活设施齐全。分院具备各种类型的会议室、报告厅、多媒体教室、相关学科实验室和微机室等，能提供良好的餐饮和住宿条件。

建院以来，分院主动适应社会经济发展和农机化事业发展需要，举办了多期县、乡（镇）农机管理干部和农机化技术人员培训班，培训人数达数千人，培训效果显著，受到学员好评，为我国农机化事业发展做出了积极贡献。

近五年来举办的培训包括：“南京市农机经营大户培训班”、“无锡市基层农机管理人员培训班”、“江苏省基层农机考评员、检验员培训班”、“江苏省农机监理人员培训班”、“农机系统财务人员培训班”、“全国地市县农机化管理干部研讨班”、“江苏省中等职业学校骨干教师培训班”、“新疆农机化管理干部研讨班”、“安徽省农机化干部培训班”、“贵州省农机化干部研讨班”等。