中央密码工作领导小组办公室是中共中央直属机构，与国家密码管理局，一个机构两块牌子，列入中共中央直属机关的下属机构。
中央密码工作领导小组办公室（国家密码管理局）是中央国家机关，下属的研究所、密码分析测评中心和专用芯片实验室系国家全额拨款事业单位，工作性质特殊，国家政策优惠，科研任务饱满，经费来源充足，科研条件优良，社会和经济效益显著。
研究所承担重要科研任务，服务于各级领导和党政机关；密码分析测评中心是经国家实验室认证认可委员会认可的国家密码检测机构，承担密码及密码设备的分析、检测和综合评估任务；专用芯片实验室承担国家重要专用集成电路的科研任务。