中山大学台湾研究所于2005年7月正式成立。它是在孙中山研究所的基础上，整合历史学、经济学、管理学、社会学、人类学、政治学、法律学和语言文学等学科从事台湾研究的的学者组建而成的，重点研究台湾政治法律、经济金融、历史文化，尤以台湾客家文化和台商台企研究为特色。

台研所目前的工作人员除了一位全职秘书外，其余人员包括所长和研究人员都由学校各个院系的教授兼任，同时在校外聘有数位兼职研究员。

2008年5月起，台湾研究所挂靠新成立的中山大学亚太研究院，所长由陈春声副校长兼任。

台湾研究所行政秘书：罗莉娟