水生态专业委员会为中国水利学会的分支机构，挂靠水工程生态研究所。其主要任务是：在中国水利学会的领导下，开展国内外水生态专业学术交流，推广先进技术，促进学科发展；发挥联系广大水生态科技工作者的桥梁纽带作用，举荐表彰在科技活动中取得优秀成绩的科技工作者；承接水生态重大问题决策的科学论证、决策咨询、科技评价等职能任务；接受项目评估、标准制定、成果鉴定工作，提供水生态领域的技术咨询、技术开发和技术服务；开展水生态科技人员的专业培训等。

水生态专业委员会的专业范围是：水工程对生态与环境影响分析及评价，水工程生态影响补偿机制与对策研究，河流生态、湖泊生态、水库生态、流域生态及其水环境生态、水污染生态、水景观生态、湿地生态、水生态系统生态、生态水利工程、珍稀濒危水生动物保护、生物多样性保护等相关水生态问题研究。