中国科学院新疆天文台成立于1957年，原名为中国科学院乌鲁木齐人造卫星观测站，1987年更名为中国科学院乌鲁木齐天文站，2001年4月更名为中国科学院国家天文台乌鲁木齐天文站，2011年1月更名为现名。新疆天文台经过五十多年的发展，通过几代人的不懈努力，由单一的人造卫星观测站已发展成为我国西部重要的综合性天文研究机构。

新疆天文台目前主要研究领域包括射电天文、光学天文和应用天文，主要从事脉冲星、恒星形成与演化、活动星系核、高能天体物理、微波接收机、数字技术应用、空间目标与碎片、卫星导航、GPS等方面的研究与观测。新疆天文台面对新的发展机遇，充分发挥新疆观测环境和地域优势，面向国际天文学研究前沿和国家战略需求，进一步完善体制机制，不断凝练科学目标，合理规划学科布局，在研究方面走出了一条发挥自己独特优势的开拓创新之路，形成了具有自己特色的研究团队，研究工作取得了具有国际前沿水平的研究成果，并在相关领域取得了一定突破，实现了观测能力和研究课题的跨越式发展。目前，新疆天文台南山基地是国际上重要的VLBI站点，是国内重要的脉冲星观测研究、厘米波分子谱线观测研究和活动星系核观测研究基地，也是我国探月工程中VLBI测轨系统的四个站点之一；新疆天文台空间目标与碎片观测组是中国科学院空间目标与碎片观测研究中心成员；新疆天文台射电天体物理实验室是中科院射电天文重点实验室成员，也是新疆维吾尔自治区的重点实验室。“新疆大学－国家天文台联合天体物理中心”在区域天文人才培养方面起着重要的作用。

新疆天文台拥有25米射电望远镜系统、40厘米精密光电望远镜系统、多个GPS数据接收系统和太阳色球望远镜等仪器设备，有多台重要天文观测设备正在建设之中，还有一些观测设备将要落户。

新疆天文台开展广泛的学术合作与交流，已成为多个国际合作组织的成员。国际合作与交流的范围扩展到了美国、荷兰、澳大利亚、日本、德国、英国、意大利、俄罗斯、瑞典及我国台湾、香港等国家和地区，同时还与国内多个科研机构和大学建立了合作关系。

新疆天文台通过大力培养和积极引进人才，已经形成了一支结构合理、具有较强科研实力和创新能力的人才队伍。截止2010年12月，新疆天文台职工总数为94人，其中科技人员77人，管理和支撑人员13人。聘请了2名外籍荣誉教授和6名国内高校和研究机构的专家作为客座教授。

新疆天文台具有天体物理学博士、硕士学位授予权，设有天文学博士后科研流动站。现有博士研究生导师2人，硕士研究生导师8人；在读硕士研究生35人，博士研究生8人，在站博士后3人。已培养研究生50人，出站博士后1人。

新疆天文台设有学术委员会、战略规划委员会和学位委员会等机构；由射电天文、光学天文与技术应用、应用天文三个研究室，南山、喀什和奇台（筹）三个观测基地\\站及新疆天体物理重点实验室、新大－国台联合天体物理中心、中科院射电天文重点实验室分部三个实验室\\中心构成研究体系；由综合办公室、科研业务办公室等部门构成管理体系；由计算机技术室、图书文献室构成支撑体系。

新疆天文台获省、部级以上的奖励共计40余项，出版学术会议论文集2部，发表SCI学术论文100余篇。

新疆天文台是新疆天文学会的挂靠单位，是全国、自治区和乌鲁木齐市的科普工作先进集体。新疆天文台南山基地是国家、自治区和乌鲁木齐市的青少年科技、科普教育基地，开展了形式多样的科普活动，带来了显著的社会效益，多次荣获全国、自治区和市级优秀青少年科技教育基地荣誉。